AMEDでは医療分野の研究開発を推進しており、そこから生み出されたデータは個人情報を含むデータであるため、セキュリティとプライバシーに十分に配慮した扱いが求められます。
AMEDデータ利活用プラットフォームでは、我が国の法令と指針に則ったデータ利用環境を整備しました。この利用環境は、多要素認証による厳密な利用者管理と、個人情報をダウンロードできない仕組みを備えています（これを「連携拠点」と呼びます）。
さらに、研究計画の立案を目的として、全ゲノム解析データのメタデータを整備し、簡便な手続きのみで検索利用できる仕組みを設けています（これを「連携基盤」と呼びます）。

システムについて

AMEDデータ利活用プラットフォームは、AMEDが支援した研究開発から得られたデータの利活用を促進するためのプラットフォームです。令和６年度は、３大バイオバンクの全ゲノム解析データのメタデータの横断検索、アレル頻度情報等を用いた研究計画の立案を可能とする連携基盤と、連携拠点におけるシステム（処理ノードとストレージ）によって構成されます。